南绿北蓝政治态势明显，赖清德强调，政治主张和两岸经济往来，不能混为一谈;“台南是传产、农业重镇，我身为地方首长，协助台南市民与中国做生意，责无旁贷!”然而，他更担心ECFA对台南的冲击。

　　赖清德接受中国时报专访时说，两岸经济、贸易交流已是不可回避的趋势，过去，台南县长苏焕智也前进大陆卖芒果，帮农夫把市场的饼做大、创造利润，好的政策他乐意延续，这是他的任务与职责。

　　但，对于政府一味鼓吹ECFA的好处，赖清德有不同的看法，他举例说，马英九一再说石斑鱼外销中国，可省下十%关税，让农夫赚更多钱，但翻开数据来看，全球养殖石斑鱼年产七.四万公吨，其中，五九%来自中国大陆，台湾占廿三%，且台湾九五%销往香港，主要问题非关税，“没签ECFA就已经在做生意了!”

　　而且，台湾养一尾石斑鱼，大陆可养三尾，“大陆成本是我们的三分之一，倾销中国后，大陆有种苗有技术，台湾却无地可养，还得要抽地下水，对我们来说，是难以承受之重”。赖清德直言，马英九身为“总统”，却对很多事务不了解，他不讳言，“这很危险”。

　　“我更忧心的是，台湾过度仰赖中国，一百元有八十四元投资中国，套用保罗克鲁曼的‘中心─边陲理论’，大者恒大，小者恒小，对台湾很不利”，有鉴于此，他强调，未来会加强与韩国、日本、美国经贸往来，落实分散风险原则。

　　赖清德说，台南是传统产业的重镇，ECFA后时期对台南会造成什么冲击?“中心”没有明说，却只宏扬好处，这样的态度不对。

　　“我曾经参观一间罐头工厂，里头陈列美国、日本罐头模型，业者说，有方法存活到现在是靠关税保护，万一大陆产品倾销来台，就惨了”。

　　他认为，罐头工厂业者的忧虑，反映多数传统产业的心声，政府不该只是报喜不报忧，更该拟定相关配套措施。“我身为市长，也会建立一套安全机制，保障这座城市与人民，将风险降到最低。”